めぐり逢う世界

旅行のことを中心に、学部やPC関係の話も少し紹介したりするブログ。

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ChemDrawで省略記号を追加する方法

ChemDrawで省略記号を追加する方法を紹介します。

省略記号はChemDrawに最初から用意されているもので、TsやBocなど色々と省略記号を入力しても割と認識してくれることはChemDrawをよく利用している方は知っていることと思います。

しかしながら、ChemDrawに最初から用意されていない省略記号(BpinやTESなど)は当然のことながら認識されず、赤波線が引かれてしまいます。こういった省略記号を自分で追加する方法を紹介します。

Bpinという省略記号の作成を例に取り上げようかと思います。

まず、ChemDrawで以下のような構造式を入力します。

Bpin.png

◆は結合手を作りたいところに置く記号で、ChemDrawでチャージ記号を入力するツールと同じ箇所に用意されています。R-Bpinなどと書いたときに、この◆のところに結合手が置かれることとなります。結合手は複数個つけることも可能で、ChemDrawに最初から用意されてるものを例に取ると、Alaのようなアミノ酸記号があります。Alaは結合手二本なので、R-Ala-Xのように記述したときに初めて正しく認識させる記号ということになります。

この作成したファイルをChemDrawXMLファイル(.cdxml)として、「ChemDraw Itemsフォルダ」の中にある「Nicknames」フォルダの中に、「省略記号.cdxml」として保存すれば、ChemDrawの次回起動時からこの省略記号が正しく認識されるようになります。

abbreviation.png

※都合MacOSXでの画像を載せていますが、Windowsでも同じです。WindowsではChemDraw Itemsフォルダが隠しフォルダにありますが、ChemDrawでの保存時に「Go to ChemDraw Items」をクリックすれば即座に飛べます。

以上です。

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『現代物性化学の基礎』進捗状況

現代物性化学の基礎の進捗状況です。

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『ハート基礎有機化学』進捗状況

ハート基礎有機化学の進捗状況です。

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『量子化学(化学新シリーズ)』進捗状況

量子化学(化学新シリーズ)の進捗状況です。

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ラプラシアンの極座標変換

大分前にラプラシアンの極座標変換が上手くいかない的な記事を書きましたが、「量子化学Ⅲ―化学者のための数学入門12章」の2次元の場合の計算を参考に、改めて計算し直してみたところ、ちゃんと laplacian.png
とできました。

以前上手くいかなかったのは展開時の偏微分の計算を根本的に間違えていたからです。

計算はまずx、y、zでの1回偏微分の演算子を極座標変換するだけでも一苦労で、それからx、y、zでの2回偏微分の演算子を導出するために、各1回偏微分の演算子を2乗して展開するのが更に大変でした。何故なら単純に展開すると全部で項が41個も出てきますからね。勿論その殆どは消えてしまうのですが。

まぁ大変な計算ではありましたが、頭の中の靄が一つ晴れたのでよかったです。

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『有機化学(化学入門コース4)』終了

有機化学(化学入門コース4)が終わりました。

詳しくは『有機化学(化学入門コース4)』進捗状況へ。

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『有機化学(化学入門コース4)』進捗状況

有機化学(化学入門コース4)の進捗状況です。

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『有機化学演習(化学入門コース/演習3)』進捗状況

有機化学演習(化学入門コース/演習3)の進捗状況です。

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化学の所持参考書リスト

大分揃ってきたし、要望もあったので晒してみることにする。

欲しいもの(値段によっては買い取ります)

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『化学熱力学』進捗状況

化学熱力学の進捗状況です。

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『物理化学(化学入門コース2)』進捗状況

物理化学(化学入門コース2)の進捗状況です。

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『量子化学―基本の考え方16章』終了

量子化学―基本の考え方16章が終わりました。

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『量子化学―基本の考え方16章』進捗状況

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『化学の基礎(化学入門コース1)』終了

化学の基礎(化学入門コース1)が終わりました。

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『化学の基礎(化学入門コース1)』進捗状況

化学の基礎(化学入門コース1)の進捗状況です。

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化学Ⅰ・Ⅱの新演習(高分子分野)終了

化学Ⅰ・Ⅱの新演習の高分子分野が終わりました。

新演習は有機分野までは誤植がほとんどなかった(気づかなかっただけかも)のですが、高分子分野の誤植の多さはひどかったです。問題文の数値が間違ってたら答え合わねーよ!w

高分子にはタンパク質の名称答えさせるだけの問題があってウザかったです。牛乳中にはカゼイン、卵白中にはアルブミンとグロブリン、小麦や大豆に多く含まれるグルテリン、動物の毛や爪をつくるケラチン、絹の繊維をつくるフィブロイン、動物の軟骨や腱をつくるコラーゲンとか、お蔭様で覚えてしまいましたけど、半年くらいしたら忘れてる気がします。

まぁこれで取りあえず新演習の復習1周目が終わったので後は間違えた問題を解きなおせば、化学に関しては一先ず終了ということになるかな。多分今日にでも終わるでしょう。もう寝ますけど。

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化学Ⅰ・Ⅱの新演習2回目(進度状況)

1回目はこちら。色々と忘れたりしてきたので2回目をやることにした。

化学Ⅰ・Ⅱの新演習 281問 9/11開始
1周目 9/11開始 12/3終了 281問(うち○274 ×7)
2周目 12/4開始 12/4終了 8問(うち○8)

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化学Ⅰ・Ⅱの新演習(有機分野)の復習終了

化学Ⅰ・Ⅱの新演習の有機分野の復習が終わりました。

予定してたより大分遅くなりましたが、それは予定してたより多くの時間を英語に充ててたからですかね。単純に今月勉強を4、5日サボったっていうのもありますけど。

まぁこれで化学の復習も残すは高分子のみとなりましたので早いとこ終わらせてしまおうと思います。高分子は学校で授業聞いてただけで、問題集では1問も解いたことがないのでかなり苦戦しそうですが・・・。

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化学Ⅰ・Ⅱの新演習(無機分野)の復習終了

化学Ⅰ・Ⅱの新演習の無機分野の復習が終わりました。

これで後は有機だけですね。高分子入れて残り100問くらいです。

高分子は学校で授業受けただけで問題集とか1回もやってないからかなり忘れてしまったな。覚えてるのは6,10-ナイロン(ヘキサメチレンジアミンとセバシン酸ジクロリドだっけか)くらいか。

まぁ出来るだけ早く終わらせられるよう頑張ります。

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化学Ⅰ・Ⅱの新演習(理論分野)の復習終了

化学Ⅰ・Ⅱの新演習の理論分野の復習が終わりました。

理論分野は143問ありましたが、ここまでにかかった日数は実質10日ですかね。

残りの無機分野と有機分野は高分子も入れて理論分野と同じくらいの分量なので、後10日くらいでなんとか終わらせられたらな、と思っております。

出来れば8日くらいで終わらせて10月の残りの10日間くらいで解法の突破口を終わらせられたらー、とか思ってるけど、まぁ無理かな。

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